ตามกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการกรมคุ้มครองสิทธิและเสรีภาพ กระทรวงยุติธรรม พ.ศ. 2545 ประกาศตามราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 119 ตอนที่ 103 ก ลงวันที่ 9 ตุลาคม 2545 โดยให้ สำนักงานคุ้มครองพยานเป็นหน่วยงานในสังกัดกรมคุ้มครองสิทธิและเสรีภาพ กระทรวงยุติธรรม
มีอำนาจหน้าที่
     1. ดำเนินการคุ้มครองพยานตามกฎหมายว่าด้วยการคุ้มครองพยานในคดีอาญา
     2. ประสานงานกับพนักงานสอบสวนและหน่วยงานที่เกี่ยวข้องในการคุ้มครองพยาน
     3. พัฒนาระบบและมาตรการคุ้มครองพยานให้เป็นไปตามที่กฎหมายกำหนด
     4. เสนอแนะปรับปรุงและแก้ไขกฎหมาย กฎระเบียบหรือข้อบังคับตลอดจนมาตรการต่าง ๆ ใน การคุ้มครองพยาน
     5. ติดตามและประเมินผลการดำเนินการคุ้มครองพยาน
     6. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง หรือที่ได้รับมอบหมาย